Het bestuur van de Stichting bestaat uit drie leden: een voorzitter, penningmeester en secretaris. Het bestuur denkt op een betrokken manier mee over het publicatieprogramma, in samenwerking met de auteur(s). Ook zet het bestuur zich in om de geestelijke rijkdom van de Vroege Kerk onder een breed publiek ingang te doen vinden. Tenslotte lezen de bestuursleden de te publiceren uitgaven vaak van tevoren door en geven zij indien dit nodig is commentaar op de te publiceren boeken. De huidige voorzitter is: de heer J.M. Kleppe te Apeldoorn. De penningmeester is: de heer E. Geurtsen te Deventer. De secretaris is: de heer W. Boerma te Nijmegen.
Naast het bestuur is er een comité van aanbeveling. Tot dit comité behoren onder meer: prof. dr. Hoek, ds. J.S. van der Net, ds. H. Zippro, ds. J. Kleppe, prof. dr. G. Bartelink, prof. dr. A. Orban, prof. dr. B.J. Lietaert Peerbolte.